Um estudo minucioso iniciado há seis anos (as coletas são realizadas a cada três meses) em 140 rios e 374 outros corpos d?água traça um diagnóstico sombrio na rede hidrográfica que corta todas as regiões da Bahia. As ligações de esgoto clandestinas, a ocupação desordenada do solo, o desmatamento das bacias, a coleta irregular do lixo e a poluição estão provocando alterações no volume dos rios, lagos e reservatórios, contaminando os aquíferos, degradando os mananciais e causando impactos negativos na qualidade e quantidade dos recursos hídricos. Os dois rios que têm a pior qualidade de água da Bahia estão localizados na Região Metropolitana de Salvador: Camarajipe (capital) e Camaçari, que atravessa a cidade mais industrial do estado. O rio Camarajipe impressiona pela poluição. Duas amostras coletadas em pontos diferentes apresentam o mesmo resultado: água de péssima qualidade. No outro extremo, Camaçari também possui o rio (Capivara) com a melhor qualidade de água da Bahia.
Outros rios com qualidade excelente de água são Imbassaí (Mata de São João) e Gritador (Piatã). 
Apesar de todos os problemas, com exceção do semiárido, região que apresenta um déficit permanente, a quantidade e a qualidade da água baianas são consideradas satisfatórias. O trabalho de monitoramento analisa os aspectos físicos, químicos e biológicos da água. Desde 2007, quando começou a segunda etapa do projeto, até o final do mês passado, a Embasa implantou quase 650 mil ligações domiciliares de água, beneficiando em torno de 2,5 milhões de pessoas. Em relação ao serviço de esgotamento sanitário, no mesmo período, foram realizadas aproximadamente 295 mil ligações intradomiciliares de esgoto, atendendo a 1,3 milhão de pessoas.
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